W czasie wojen największą ofiarę ponoszą cywile. Nie jest to bynajmniej rzeczą wyjątkową - nie da się uniknąć działań zbrojnych bez postronnych ofiar. Jednakże sposoby prowadzenia wojny regulują liczne konwencje, których założeniem było, aby przyszłe konflikty były w miarę możliwości humanitarne. W trakcie obu wojen czeczeńskich wojska rosyjskie używały powszechnie broni chemicznej i napalmu. Bombardowano szkoły i biblioteki, co pozostaje w sprzeczności z art. 27 Konwencji Haskiej z 1907 r. o metodach walki lądowej. Prześladowano wziętych do niewoli, którym odmawiano statusu jeńców, oraz ludność cywilną, nie wypełniając nawet minimalnych reguł przewidzianych w konwencjach genewskich z 1949 r. i protokołach dodatkowych do nich, mówiących o traktowaniu tych grup podczas konfliktów zbrojnych. W tak powszechnie potępianej wojnie wietnamskiej na każdego zabitego partyzanta przypadało 9 cywili. W Czeczenii ten współczynnik wynosił 1:17. Patrząc na te liczby wysnuć można tylko jeden wniosek - Kreml mścił się na zwykłych obywatelach, za ogłoszenie suwerenności republiki.

          Jedna z największych zbrodni miała miejsce we wsi Samaszki. Odbyła się tam brutalna pacyfikacja ludności cywilnej, nosząca znamiona ludobójstwa. Rzeczywisty przebieg działań możemy odtworzyć dzięki Komisji Praw Człowieka przy prezydencie Rosji, na czele, której stał Siergiej Kowaliow, a także Centrum Obrony Praw Człowieka „Memorial”.
Wg. postawionego przez generała Anatolija Romanowa ultimatum , mieszkańcy wsi mieli do godziny 7.00 dnia następnego (7 kwietnia 1995) zdać 263 automaty, 3 karabiny maszynowe, jeden transporter opancerzony, oraz pozwolić wejść siłom federalnym do wioski. W razie niespełnienia żądań miał odbyć się szturm. Na prośbę starszyzny bojownicy odeszli do lasu, aby nie cierpieli przez nich zwykli ludzie. Strona czeczeńska oświadczyła iż zdanie wyznaczonej ilości broni jest niemozliwe, gdyż po prostu we wsi nie ma tylu egzemplarzy. Ostrzał rozpoczął się, mimo że termin ultimatum nie upłynął i trwał blisko 40 minut. Użyto broni strzeleckiej oraz artylerii. Później nastąpiły ponowne pertraktacje, które zakończyły się fiaskiem. Zarządzono blokadę całej wsi i  w ten sposób uniemożliwiono mieszkańcom ucieczkę - nastąpił zmasowany ostrzał. Wojska federalne i OMON-owcy w chustach z napisem „urodzony do zabijania” rozpoczęły "zaczistkę". Do piwnic pełnych ludzi wrzucano granaty. Domostwa podpalano i rabowano. Gdy ktoś próbował ucieczkił: kobieta, mężczyzna, dziecko – kosili go serią z automatu, a trupy palili miotaczami ognia. Na ulicach, podwórkach i w domach leżały trupy mieszkańców. Na klatce piersiowej jednego z zamordowanych mężczyzn leżało serce wyrwane razem z kawałkiem płuca. Wszędzie walały się jednorazowe strzykawki z promedalem, jednym z narkotycznych analgetyków. Tych, których nie zabito od razu, transportowano do Mozoduku, gdzie ich potwornie bito, torturowano przy użyciu prądu, a potem zabijano... strzałem w tył głowy.
To co się działo wewnątrz wioski, najlepiej oddają relacje naocznych świadków przytoczone poniżej:

§    Malika Giełgajewa: „Wjechał transporter, weszli do domu. Aminat pamięta, że jeden miał ze dwa metry wzrostu, siostra w ogóle bała się otworzyć oczy. Zapytali czy są u nas bojownicy. „Tu leży ranny, proszę nas zostawić” Ten dwumetrowy powiedział „Dobra, niech będzie”. I poszli. Wszyscy się ucieszyli, a tamci znowu przyszli. Rzucili dwa granaty. Siostra i Aminat padły na ziemię. Raisę raniło. Dołożyli snajperską serię. Znów podeszli i z miotacza ognia. Dopiero wtedy sobie poszli. Ojciec z córką płonęli”
§    Sabidat: „Przyszli, zabijali ludzi, podpalali domy. Widziałam, jak podpalilidom, wrzucając do środka ogień. Dwóch ludzi się paliło”.
§    Ukrainka obserwująca zajście z drugiego brzegu rzeki: „Na ulicy omonowcy bili jakiegoś starca, podbiegła czternastoletnia dziewczynka, żeby go obronić- żołnierze spalili ja miotaczem ognia”, „Kobiecie wyrwali z ręki dziecko i zastrzelili na jej oczach. Krzyczała: <Za co?! Przecież my nie jesteśmy bojownikami!> Odpowiedzieli: <Wystarczy, że jesteście Czeczeńcami>”, „Na dworcu żołnierze powiesili dziesięcioro dzieci, potem jeszcze dwoje w szkole”, „Kobiety, dzieci, starców zapędzili do magazynu zbożowego. Wszystkich 130 mężczyzn rozstrzelali”

W marcu 1997 r. Duma amnestionowała wszystkich żołnierzy uczestniczących w wojnie.