Charakter działań wojsk federalnych wobec ludności cywilnej i obiektów niewojskowych był zróżnicowany w zależności od miejsca i czasu tych działań oraz motywów ich podejmowania: względów taktycznych, rozkazów wyższego dowództwa, negocjacji z przedstawicielami strony czeczeńskiej, demoralizacji żołnierzy i oficerów.
Największa liczba ofiar wśród ludności cywilnej była wynikiem nieselektywnych ataków lotniczych i rakietowo-artyleryjskich oraz stosowania nieadekwatnych sił i środków walki bez należytej, wymaganej normami prawa międzynarodowego i humanitarnego troski o bezpieczeństwo tej ludności. Mieszkańcy Czeczenii ponosili straty spowodowane bombardowaniami i ostrzałem artyleryjskim przez cały okres obu konfliktów. Poczynając od 19 grudnia 1994 r. miały miejsce codzienne naloty na Grozny, a większość bomb i rakiet trafiało w kwartały, gdzie nie było żadnych obiektów wojskowych. Wedle zebranych przez nie informacji w okresie od grudnia 1994 r. do marca 1995 r. w stolicy Czeczenii zginęło prawdopodobnie 25-29 tys. ludzi. Tego samego typu bombardowaniom podlegały i inne miejscowości m.in. Szali, Bamut, Staryje Atagi, a nawet zamieszkane przez Czeczenów osady poza terytorium Czeczenii, jak położone w Inguszetii Arszty. Zdarzało się, iż trudno było ustalić, co naprawdę stanowiło cel ataków rosyjskich - nie bombardowało obiektów wojskowych i administracyjnych oraz oddziałów czeczeńskich pozostających w mieście. Tego rodzaju działania miały na celu sterroryzowanie lub fizyczną likwidację czeczeńskiej ludności cywilnej.

Naloty na osiedla czeczeńskie rozpoczęły we wrześniu 1999 r. tzw. drugą wojnę czeczeńską. Masową skalę przybrały one po wkroczeniu sił federalnych na terytorium republiki. Nalot na Urus-Martan 5 października 1999 r. zaowocował 27 ofiarami śmiertelnymi wśród cywilnych mieszkańców. O ile w jednak Urus-Martanie faktycznie znajdowały się cele wojskowe, to w atakowanej 23 października niewielkiej, liczącej w czasach pokoju ok. 300 mieszkańców wsi Nowoje Szaroje takich obiektów nie było, a w wyniku ataku zginęło co najmniej 9 osób, dalszych 10 odniosło rany. Podobnie działo się w Samaszkach. 9 stycznia 2000 r. w Szali w wyniku ostrzału rakietowego zabito ponad 150 osób spośród tłumu zgromadzonego na centralnym placu w związku z zapowiedzianą wypłatą emerytur. Bombardowania tej miejscowości trwały do 12 stycznia. W październiku i listopadzie 1999 r. długotrwałym bombardowaniom podlegały m.in. okolice Szatoj i Itum-Kale, gdzie oprócz stałych mieszkańców przebywali liczni uchodźcy z innych terenów Czeczenii. Rozgłos międzynarodowy zyskał atak na Grozny 21 października 1999 r. W wyniku ostrzału rakietowego centrum miasta, w tym miejscowego bazaru zginęło ponad 140 mieszkańców, w tym wiele kobiet i dzieci, a rannych zostało wedle różnych źródeł 260-400 osób.  
Ludność cywilna zazwyczaj nie dysponowała możliwością bezpiecznego opuszczenia strefy działań bojowych. Zdarzało się, iż dowództwo federalne tworzyło tzw. korytarze mające służyć ewakuacji mieszkańców poszczególnych osiedli, jednak w wielu wypadkach operacje takie były źle zorganizowane prowadząc w konsekwencji do śmierci osób korzystających z takich korytarzy (śmierć w wyniku ostrzału ze strony sił federalnych). Przykładem takiej właśnie praktyki było funkcjonowanie korytarzy dla mieszkańców Groznego utworzonych po ogłoszeniu ultimatum z 6 grudnia 1999 r. Najczęściej mieszkańców nie uprzedzano o mających nastąpić bombardowaniach. Odmawiano nawet rozmów na temat opuszczenia przez nich zagrożonego terenu. W sytuacji, gdy umożliwiano ludności opuszczenie osiedli, zdarzało się, że kolumny uciekinierów były bombardowane i ostrzeliwane. W rezultacie nieselektywnych bombardowań i ostrzału śmierć poniosły setki osób cywilnych, zniszczono wiele domów mieszkalnych i obiektów użyteczności publicznej.

Bezbronną ludność cywilną szukającą schronienia przed zbliżającymi się nalotami atakowano także z powietrza. Do końca nie było jasne, czy byli ostrzeliwani w rezultacie pomyłki, czy celowego działania. W grudniu 1994 r. w zachodniej Czeczenii, w okolicach osiedla Nowyj Szaroj, rakietami wystrzelonymi ze śmigłowców zniszczono ciężarówki z uchodźcami, w tym także karetkę pogotowia. W czasie kolejnych walk o stolicę Czeczenii wielokrotnie powtarzały się przypadki ostrzeliwania uciekinierów. Niemal identyczne sytuacje miały miejsce w toku tzw. drugiej wojny czeczeńskiej. 29 października 1999 r. ostrzelana została ciągnąca się kolumna uchodźców w okolicach Szaami-Jurtu. Co więcej zdarzały się nawet ataki na oznakowane konwoje Czerwonego Krzyża. W wyniku takiego ataku na kolumnę zawróconą z granicy z Inguszetią śmierć poniosło 25 osób, a 70 zostało rannych.

Zarówno w czasie I i II wojny czeczeńskiej przeprowadzano często krwawe pacyfikacje. Najgłośniejszym echem odbiła się pacyfikacji Samaszek w kwietniu 1995 r., będąca potwierdzeniem ludobójczej praktyki strony federalnej. Regularne oddziały czeczeńskie wycofały się stamtąd na miesiąc przed wkroczeniem rosyjskich wojsk, które w konsekwencji  przełamać musiały opór niewielkich grup liczących w sumie 20-40 osób. Doszło do bezładnego ostrzału prowadzonego przez wojska federalne, a to przede wszystkim w efekcie oczyszczania (tzw. zaczystki) miejscowości. Kierownictwo MSW FR oficjalnie potwierdziło, że w toku działań w dniach 7-8 kwietnia w Samaszkach zginęło 130 osób, jednakże utrzymywało, iż byli to bojownicy Dudajewa. Przedstawiciele organizacji obrony praw człowieka ustalili nazwiska 103 ofiar i okazało się, iż było wśród nich 13 kobiet i 90 mężczyzn, przy czym 7 osób miało mniej niż 18 lat, a 22 osoby ponad 61 lat. Tylko 4 osoby poległy z bronią w ręku. 18 osób zginęło w rezultacie ostrzału artyleryjskiego, 5 w następstwie ostrzału ulic z pojazdów bojowych, 7 w rezultacie ognia snajperów, 5 osób zginęło w wyniku wybuchów granatów wrzucanych do domów mieszkalnych, z których ostrzeliwano wkraczające siły federalne. Pozostali zostali zestrzeleni lub rozstrzelani, a 3 osoby wcześniej ranne zostały dobite. W rezultacie do punktu filtracyjnego w Mozdoku trafiło 83 mieszkańców Samaszek, z których jednak aż 65 w ciągu paru dni zwolniono jako absolutnie niewinnych, a 12 wymieniono na żołnierzy wziętych do niewoli przez siły czeczeńskie.  
14 marca 1996 r. władze federalne ponownie musiały zdobywać Samaszki opanowane przez silny oddział czeczeński. Tym razem bojownicy czeczeńscy stawiali zacięty opór siłom federalnym ponad tydzień. W toku walk zginęło ok. 40 bojowników i 35 cywilnych mieszkańców. 15 marca nastąpił szturm Samaszek, przy czym ok. połowy mieszkańców nie zdołało opuścić miejscowości w ciągu dwóch wyznaczonych na to godzin. W trakcie szturmu cywile, w tym kobiety i dzieci co najmniej dwukrotnie byli wykorzystywani przez siły federalne jako „żywe tarcze”. Rosjanie na zajętym terenie natychmiast przeprowadzali akcje „oczyszczania” („zaczystki”). W grudniu 1995 r., po opanowaniu Gudermesu przez bojowników czeczeńskich, siły federalne okrążyły miasto i od 14 grudnia rozpoczęły jego zmasowany ostrzał. Bombardowania powietrzne nastąpiły 18 grudnia, gdy bojowników w mieście już faktycznie nie było, a jedynymi ofiarami stali się cywilni mieszkańcy. 19 grudnia rozpoczęła się „zaczystka” miasta, w toku której odnotowano przypadki wrzucania granatów do pełnych ludzi piwnic. Strona federalna mówiła o 267 zabitych mieszkańcach Gudermesu, jednak źródła niezależne uznały te dane za znacznie zaniżone.

Ogromna liczba świadectw różnego rodzaju potwierdziła ponad wszelką wątpliwość, że tzw. zaczystki prowadzone w miastach i osiedlach Czeczenii obfitowały w akty zbrodniczej przemocy, zabójstwa, gwałty i bezzasadne zatrzymania cywilnych obywateli. Władze federalne określając rozpoczęte w 1999 r. działania w Czeczenii mianem „operacji antyterrorystycznej”, jako cel działania wskazywały wielokrotnie „likwidację” terrorystów. Nie sformułowano jednak kryterium wyodrębnienia „terrorystów”. Za uczestników walk uznano więc dobrze zbudowanych mężczyzn w wieku od 25 do 40 lat ze świeżo zgolonymi brodami.  

W pierwszym okresie tzw. drugiej wojny czeczeńskiej (październik 1999 r. - marzec 2000 r.) doszło do trzech masowych masakr cywilnej ludności w toku zajmowania i „oczyszczania” miejscowości. W grudniu 1999 r. co najmniej 17 osób zginęło w Ałchan-Jurcie, spalono liczne domy, wiele kobiet zostało zgwałconych, masowe rozmiary przybrała grabież mienia. Ponad 50 osób (w większości kobiet, starców) zostało zamordowanych w rejonie staropromysłowskim w Groznym, gdy wojska rosyjskie objęły nad nim kontrolę. 5 lutego 2000 r. doszło do masakry mieszkańców osady Nowyje Ałdy, będącej przedmieściem Groznego. Po opuszczeniu osady przez bojowników czeczeńskich wkroczyły tam siły federalne, które przeprowadziły operację oczyszczania, w toku której zamordowano licznych cywilnych mieszkańców.
Miały miejsce także zatrzymania cywilnych obywateli. Z ustaleń organizacji obrony praw człowieka wynika, iż praktyka bezpodstawnych zatrzymań przez władze federalne była stosowana bardzo szeroko. Nie jest jednak możliwe ustalenie nawet przybliżonej liczby zatrzymanych. Ludzie ci trafiali do specjalnych instytucji działających w znacznej części bez podstaw prawnych lub zgoła wbrew obowiązującym przepisom. Teoretycznie zatrzymaniom podlegały osoby podejrzewane o przynależność do tzw. nielegalnych formacji zbrojnych lub o współpracę z nimi (w toku wojny 1994-1996), czy też o działalność terrorystyczną bądź wspieranie terrorystów (w czasie drugiego konfliktu). Osoby te poddawane były procedurom tzw. filtracji w odpowiednich instytucjach. Oczywiście kryteria zatrzymywania były niejasne i stwarzały szerokie pole do nadużyć. Zdarzało się, że zatrzymania były przeprowadzane na podstawie zawczasu przygotowanych list, jednakże najczęściej następowały w toku kontroli dokumentów i prowadzenia tzw. zaczystek. Nierzadko jedyną podstawą do zatrzymania był fizyczny wygląd (dobrze zbudowani mężczyźni), czy wiek (wszyscy mężczyźni w wieku od 25 do 40, a nawet od 15 do 60 lat), ślady noszenia broni.  
W toku obu konfliktów w Czeczenii strona federalna stworzyła systemy instytucji mających realizować proces filtracji. W latach 1994-1996 takimi instytucjami były tzw. punkty filtracyjne utworzone na mocy rozkazu MSW FR z 12 grudnia 1994 r. Zadaniem systemu filtracji było ujawnienie i przetrzymywanie osób podejrzanych o przynależność do czeczeńskich formacji zbrojnych i prowadzenie śledztwa, w zależności od wyników którego osoby te powinny być przekazane do innych instytucji penitencjarnych bądź zwolnione. Do punktów filtracyjnych trafiali na masową skalę ludzie zatrzymywani w trakcie masowych łapanek i czystek osiedli oraz na drogowych punktach kontrolnych. Zatrzymani zarówno w czasie transportowania do punktów filtracyjnych, jak i w czasie tam pobytu traktowani byli często brutalnie, a nawet okrutnie. Wielokrotnie w trakcie transportu odkrytymi ciężarówkami ludzi układano po prostu warstwami. Dochodziło przy tym do zabójstw oraz imitacji zabójstw w celu sterroryzowania konwojowanych. W punktach filtracyjnych ludzie byli bici i torturowani w czasie przesłuchań, których głównym celem było wymuszenie przyznania się do udziału w walkach. Ludzie byli także przetrzymywani w nieoficjalnych miejscach zatrzymania, np. przy posterunkach kontrolnych, w miejscach dyslokacji jednostek wojskowych itp., co trwało niekiedy wiele dni i pozostawało najczęściej poza jakąkolwiek kontrolą, w poczuciu pełnej bezkarności straży, która maltretowała więzionych, znęcała się nad nimi, głodziła ich itp. Najbardziej mroczna była historia punktu filtracyjnego w osadzie Assinowskaja, gdzie zatrzymani przetrzymywani byli w jamach wykopanych w ziemi oraz w ciężarówkach do przewozu więźniów i poddawani szczególnie okrutnym przesłuchaniom. Ludzi przetrzymywano w jamach także na terenie lotniska w Chankale.  

Do tworzenia obozów filtracyjnych strona federalna powróciła w trakcie tzw. drugiej wojny czeczeńskiej. Tym razem przynajmniej część z nich miała określony status prawny: były to podporządkowane Ministerstwu Sprawiedliwości izolatory śledcze (SIZO) i podlegające Ministerstwu Spraw Wewnętrznych izolatory tymczasowego zatrzymania (IWS). Najbardziej znanym i cieszącym się najgorszą sławą był SIZO nr 2 w Czernokozowie zlokalizowany w pomieszczeniach byłej kolonii zaostrzonego reżimu. SIZO nr 1 znajdował się w Groznym na terenie przedsiębiorstwa transportowego, gdzie obóz filtracyjny znajdował się także w trakcie pierwszej wojny. IWS były w większości organizowane przy rejonowych wydziałach milicji powstających na terenach kontrolowanych przez siły federalne. Status IWS miał także obóz zlokalizowany w betonowym bunkrze w pobliżu Tołstoj-Jurtu oraz skład wagonów więziennych na stacji Czerwlonnaja-Uzłowaja, zlikwidowany w kwietniu 2000 r. w wyniku nacisków międzynarodowych po potwierdzeniu stosowania tam tortur i skandalicznego, poniżającego traktowania więźniów. Z SIZO i IWS osoby więzione mogły być kierowane do rozmaitych instytucji penitencjarnych zlokalizowanych na terytorium innych podmiotów Federacji Rosyjskiej. W pierwszych miesiącach drugiej wojny czeczeńskiej wielu zatrzymanych w Czeczenii trafiało do Mozdoku, gdzie byli więzieni w zestawie wagonów kolejowych. Później tych, którym wytoczono sprawę karną kierowano do izolatorów śledczych w Kraju Stawropolskim (Stawropol, Piatigorsk, Gierogijewsk), Północnej Osetii (Władykawkaz), Kabardyno-Bałkarii (Nalczik) i Dagestanie. Tam dokonywano najczęściej wstępnych przesłuchań w celu zakwalifikowania zatrzymanego do dalszego postępowania. W tego rodzaju miejscach na dużą skalę dopuszczano się także egzekucji bez wyroku sądowego. Szczególnie wiele informacji zebrano w odniesieniu do takiego miejsca zatrzymań zlokalizowanego w Chankale przy sztabie Zjednoczonej Grupy Wojsk.  
Siły federalne niejednokrotnie wykorzystywały zatrzymane i więzione osoby cywilne jako przedmiot swoistego handlu. Stronie czeczeńskiej proponowano ich wymianę na rosyjskich żołnierzy, którzy dostali się do niewoli. Cywilów przetrzymywanych w obozach filtracyjnych wykorzystywano też do innych celów: w zamian za ich zwolnienie domagano się od rodzin dostarczenia jeńców rosyjskich, informacji o dyslokacji sił czeczeńskich, a czasem po prostu ciał zabitych żołnierzy rosyjskich. Żołnierze rosyjscy w czasie walk w Groznym w sierpniu 1996 r. niejednokrotnie brali zakładników spośród mieszkańców miasta, żądając w zamian za ich uwolnienie czy to dostarczenia rannych żołnierzy wojsk federalnych, którzy znaleźli się w okrążeniu czeczeńskim, czy to zwłoki zabitych Rosjan, czy to przepuszczenia zaopatrzenia na okrążone rosyjskie posterunki.